Frankie wsiada do zielonego pociągu, w którym otrzymuje kolejne stygmaty, kiedy wysiada z pojazdu - ten jest już czerwonego koloru.
Ewangelia św. Tomasza to tekst autentyczny, niektórzy wierzą, że są to słowa Jezusa Chrystusa. Jednak oryginał został zapisany w języku koptyjskim (starożytnym egipskim języku bazującym na greckim alfabecie), a nie po aramejsku, jak jest powiedziane w filmie.
Zdjęcia do filmu zrealizowano w Los Angeles, Beverly Hills i San Francisco (Kalifornia, USA), Pittsburghu (Pensylwania, USA), Vancouver (Kanada), Rzymie (Włochy) oraz w Meksyku.
W Stygmatach wykorzystane zostały słowa Jezusa z Ewangelii wg. Św. Tomasza, która nie została opublikowana
Do oryginalnego cytatu z Ewangelii Tomasza został przez autorów filmu dodany fragment, którego w niej nie ma, to jest wtrącenie "..nie budynki zrobione z drewna i kamienia..".
Patricia Arquette była pierwszym wyborem reżysera Ruperta Wainrighta do zagrania roli Frankie.
Producent i reżyser Rupert Wainwright, początkowo myślał, aby nazwać film "St. Frances of Pittsburgh" ("Święta Franciszka z Pittsburgha").
Postać grana przez Patricie Arquette ma na imię Frankie (zdrobnienie od Frances), które jest bardzo podobne do męskiego imienia Francis (Franciszek), czyli imienia pierwszego stygmatyka.
W ostatniej scenie w ogrodzie pojawia się rzeźba świętego z ptakami - jest to statua św. Francisza z Asyżu (pierwszego stygmatyka).
Ciało ojca Alameidy w trumnie było w rzeczywistości zrobione z wosku. Wykonano je w Los Angeles (Kalifornia, USA) i wysłano statkiem na plan filmowy.
W pierwszej scenie, w której Frankie dostaje stygmatów na nadgarsktach, użyto specjalnych, zrobionych z kauczuku rąk. W środku były kable, które sprawiały, ze palce sie poruszały.
"Aramejski", w którym Frankie pisze na ścianie, to w rzeczywistości starohebrajski - reżyser uznał, że wygląda on bardziej intrygująco.
Zdjęcia do filmu kręcono od 17 września 1998 roku do 27 kwietnia 1999 roku.